دستگاه گوارش همه ما، میلیون ها باکتری دارد که فلور نرمال ما هستند و باعث حفاظت بدن ما از ابتلا به عفونت ها می شوند.مصرف آنتی بیوتیک ها، باعث کشته شدن باکتری های خوب شده و به کلستریدیوم دیفیسیل اجازه تکثیر میدهد.